En principio te diria que no deberias tener problema, por que la mayoria de las alarma maneja un Rele que hace el puente sobre el cable que cortara la corriente del auto, por lo que para la ECU seria como decirle, apague el motor.
Ahora un detalle bueno, seria pedirle al instalador que te muestren el conector de corte sobre la alarma, por que, suponiendo que estas en medio de la ruta, y la alarma falla por humedad, una soldadura mal hecha, golpe, etc. Le sacas el conector, le haces un puente y seguis viaje. No se si es claro lo que quiero explicar, si no consulten.
Saludos
Roberto